1 前言
马尾松（Pinus massoniana）是我国最主要的造林树种之一，广泛分布于华中、华北及华南等地区。马尾松还是重要的用材树种，被广泛用于制浆造纸、建筑、木制家具和人造板等具有高附加值的林产品生产中[1]。
黄山松（P. hwangshanensis）是松科松属乔木，中国特有树种。其材质坚实，具有较大的观赏和经济价值，是长江中下游地区海拔900 m以上山地的重要造林绿化树种。
马尾松与黄山松在形态特征、木材的解剖构造等方面都存在较明显的差异，垂直过渡带的松树表现出的形态特征介于二者之间。已有研究表明黄山松与马尾松之间存在天然杂交和基因渐渗现象，认为重叠区域的松树是马尾松与黄山松的天然杂种，并将形态特征介于马尾松与黄山松之间的类群称之为渐渗群体。
随着生命科学的发展进入后基因组时代，应运而生的是新一代RNA-seq技术，它可同时对数十万乃至数百万条DNA进行测序，被称为高通量测序[2-4]。该技术作为新兴测序技术自2005年问世以来得以快速发展并广泛应用，成为医疗、环境、生物、农林等领域常用的技术之一。高通量测序技术的诞生可以说是基因组学研究领域一个具有里程碑意义的事件。
2 研究进展
2.1 转录组学概述
功能基因组学（Functional Genomics）又被称为后基因组学，利用结构基因组提供的信息，分析和研究整个基因组内所含基因和非基因序列的功能，已经发展成系统地研究多个基因或蛋白质的功能，分析基因的生物学功能、细胞学功能和发育学功能等。功能基因组学的研究包括基因功能发现，基因表达分析及突变检测[5]。
转录组学（transcriptomics）是功能基因组学的主要组成部分，是一门在整体水平上研究细胞中所有基因转录及转录调控规律的学科[6]。狭义的转录组指参与蛋白质翻译的mRNA的总和，而广义转录组指从一种细胞或者组织的基因组所转录出来的RNA总和，包括编码蛋白质的mRNA，以及各种非编码RNA（ncRNA），如rRNA、tRNA、核仁小RNA（snoRNA）、小核RNA（snRNA）、微RNA（miRNA）等[7]。
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