文献综述（或调研报告）：
引言
G-四链体（G-quadruplex，以下简称G4）形成于单链DNA或者RNA富含鸟嘌呤（G）的区域。G4结构多富集于端粒、高转录水平的启动子和5rsquo;UTR区，在基因表达调控方面发挥着重要作用[1]。G4作为特殊的基因组DNA二级结构，近年来得到了广泛的关注和深入的研究，该综述主要介绍近年来G4结构与基因组表达调控（如甲基化、染色质开放状态等）间的关联研究。
G4基序与G-四链体结构
G4基序是一条能够形成四链体结构的序列。G4序列由其它核苷酸分隔的四个相邻的鸟嘌呤片段组成：Gge;3N1–7Gge;3N1–7Gge;3N1–7Gge;3,其中“N”表示碱基“ATCGU”中的一个，“x”是从1到7的整数；序列中的四组鸟嘌呤重复片段之间形成氢键组成G-四分体，G-四分体是平面的，通过与一价阳离子（尤其是K ）电荷配位而稳定；三层或更多的G-四分体相互堆积进一步形成三维空间结构的G-四链体。G4结构具有多态性，可能由单核酸链形成，也可能有多条核酸链参与，核酸链的方向和转角也是具有多种模式的。G4基序可能成为G-四链体结构，因此也将其称为PG4(potential G-quadruplex)[2]。但能够形成四链体结构的系列并非完全符合G4序列通式，或遵循G4序列通式的序列并不形成G4结构。因此要判断序列是否真的可以形成四链体结构，现阶段还需要使用生物实验的方法进行验证。
剑桥大学Balasubramanian团队通过高通量测序测得可以形成体外G4的序列，称为observed G4 sequence（OQ）[11]。但体外形成的G4是否能够在体内形成，目前还需要通过G4体内检测技术检测才能确定。
G4-DNA与染色质开放状态
核小体：染色质结构的基本单位为核小体，核小体由DNA和H1、H2A、H2B、H3和H4等5种组蛋白构成，两分子的H2A、H2B、H3和H4形成一个组蛋白八聚体，每个核小体由147bp的DNA缠绕组蛋白八聚体形成。核小体核心颗粒之间通过50bp左右的连接DNA相连。核小体经过逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构。核小体具有多个重要的功能，除了基因调控外，还包括复制、重组和修复等[2]。
寻找开放染色质（open chromatin）：染色质分为常染色质和异染色质，在结构上异染色质折叠压缩程度高，常染色质折叠压缩程度低，处于伸展状态；DNA复制，基因转录都发生在DNA的致密高级结构变为松散的状态；这部分打开的染色质，就叫开放染色质（open chromatin）。打开的染色质，就有足够的区域允许一些调控蛋白（比如转录因子和辅因子）过来与之相结合。染色质的这种特性，就叫做染色质的可接近性（chromatin accessibility）。
传统使用的的实验方法主要有MNase-seq和DNase-seq ，这两种实验方法的主要思路是：开放的染色质意味着DNA和组蛋白的聚集程度降低，就会有一部分DNA暴露出来。一旦失去了蛋白质的保护，这部分DNA就可以被DNA酶（MNase或DNase I）所切割。再对切割完的DNA进行测序，和已知的全基因组序列相比较，就能发现被切割的是哪些序列，从而获得开放的染色质区域。但这两个方法有明显的缺陷，耗时费力、重复性差。
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